Microbiotes et santé digestive et respiratoire

Notre groupe développe une thématique de recherche autour des effets "santé" des microbiotes intestinal et pulmonaire.

Muriel Thomas

De gauche à droite : Muriel Thomas, Claire Cherbuy, Gerlando Natalello, Aurélia Bruneau, Marie-Louise Noordine, Claire Le Poupon, Mélanie Briard, Eugénie Huillet, Frédéric Pepke, Marine Polinacci, Paul Biscarrat, Vinciane Saint-Criq, Elsa Fissier

Activité et résultats majeurs :

1/ recherche générique et étude fondamentale des effets du microbiote intestinal sur la santé digestive. En utilisant des rongeurs gnotobiotiques (plateforme Anaxem, MICALIS), nous avons montré que le microbiote est un acteur incontournable des grandes fonctions physiologiques intestinales en modifiant le cycle de vie, la structure et les capacités d’absorption, de stockage et de barrière de l’épithélium digestif (Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol., 2010 ; Faseb J., 2013 ; BMC Biol., 2013 ; Faseb J 2016 ; ISME J, 2015 ; Critical Reviews in Food Science and Nutrition, 2018).

2/ recherche générique et étude fondamentale des effets du microbiote pulmonaire sur la santé respiratoire. Nous avons récemment isolé et cultivé des souches de poumon de souris après la naissance. Ces souches sont capables de modifier la susceptibilité des animaux à développer de l’asthme (ISME J, 2017 ; Frontiers in physiol, 2018).

3/ recherche avec des objectifs opérationnels. Ces projets se font en partenariat avec des industriels et ont pour objectif d’isoler des probiotiques ou des prébiotiques et de décrire leurs mécanismes d’action. Nous étudions leurs mécanismes d’action dans le cadre de la conception de nouveaux aliments fonctionnels. (Int. J. Food Microbiol, 2010 ; J. Biol. Chem, 2011 ; PLoS One, 2011; Beneficial Microbes, 2013; Plos One, 2012 ; Plos One, 2013; Curr. Opin. Microbiol., 2013, gut microbes., 2014., Mbio, 2015 ; scientific reports, 2016 ; Frontiers in microbiology, 2017 ; Frontiers in physiol, 2018).

4/ recherche en clinique humaine. Nous développons avec des cliniciens des projets de recherche sur la physiologie digestive et le microbiote de patients atteints de syndrome de grêle court (SGC) qui souffrent d’insuffisance intestinale. (Am.J. Physiol. Gastro.liver, 2009 ; Biochimie, 2010 ; Plos One, 2013 ; Microorganism 2016 ; Scientific reports 2016 ; Frontiers in physiology, 2017). Nous collaborons avec des cliniciens sur le microbiote des patients cancéreux souffrant de mal-absorption.

5/ activité transversale et d’expertise. Notre groupe contribue à la vie collective du laboratoire (Assurance qualité, activité d’encadrement), à l’enseignement universitaire, et à l’interaction science/société. Nous avons publié un papier d'opinion sur la réglementation européenne des nouveaux aliments et des allégations santé (Microbial cell factories, 2015). M. Thomas est membre du comité d'expert "Biorisk" à l'ANSES et du comité scientifique du pôle de compétitivité « Vitagora »

Projets financés par l’ANR :

Projet ANR CIMMAP (2018-2020): Caractérisation en période périnatale de la maturation du système immunitaire et de la composition du microbiote intestinal et du lait, en présence ou non d'une supplémentation maternelle en prébiotiques visant à prévenir l'allergie infantile. Responsable : M. Bodinier

Projet ANR ACROBAT (2018-2020): Rôle de l'axe poumon/cerveau/moëlle osseuse et du microbiote lors de l'infection par le virus influenza A. responsable : F. Trottein

Projet ANR DOPEOS (2017-2019) : Développement et Optimisation d'un Procédé de Production de Bactéries Extrêmement Sensibles à l'Oxygène pour leur Exploitation Industrielle. Responsable : L. Beney

Projet ANR Sevasthma (2019-2023) : Définir l'endotype de l’asthme sévère pédiatrique: une approche intégrée combinant des analyses phénotypiques en relation avec les caractéristiques immunitaires, métabolomiques et microbiennes. Responsable : M. Leite-de-Moraes

Projet ANR GenoFood (2020-2023) : Exacerbation de la génotoxicité du microbiote intestinal par un contaminant alimentaire. Responsable : J.P Nougayrède

Projet ANR AdMIR (2023-2027)

People

	Aurélia Bruneau Ingénieure d'étude		Claire Cherbuy Ingénieure de recherche- physiologiste de l'intestin
	Eugénie Huillet  Chercheure- microbiologiste		Marie-Louise Noordine  Technicienne de Recherche
	Claire Le Poupon Assistante Ingénieure		Vinciane Saint-Criq  Chercheure -physiologiste du poumon
	Paul Biscarrat Doctorant (2020-2023)		Mélanie Briard Doctorante (2020-2023)
	Anaïs Lemoine Doctorante (2021-2024) Gastropédiatre allergologue - Projet SEIBIOTE		Gerlando Natalello Doctorant (2021-2024)
	Frédéric Pepke Technicien (CDD)		Anneline Dubard Stage de M2 - collaboration GABI-VIM-Micalis
	Rhyzlene Yemmou Stage de M2		Chems-El-Asil Souadkia Stage de M2
	Gabriela Pinto-Miguel Stage de M2

Anciens membres (tous) / 5 dernières années :

Elsa Fissier Ingénieure CDD 2021-2023
Marine Polinacci Stage de césure - Cycle ingénieur 2022-2023
Gladys Ferrere (post-doc 2021-2022)
Cassandre Bedu-ferrari (Doctorante 2018-2022)
Sophie Verstraeten (Ingénieure CDD)
Stagiaires 2022 : Sawiya Charif (M2), Charlotte Moisset (BTS), Aya Jeaidi (stage de fin d’études), Juliette Ménard (M1), Léa Largange (XX)
Marie-Thérèse (Ingénieure CDD)
Stagiaires 2021 : Sarah Stutzmann (BTS) Julien Lopez (M2), Marie Masson (2ème année cycle ingénieur), Oscar Kubiec (3ème année cycle ingénieur)
Alexandre David-hachette (Ingénieur CDD)
Jennifer Palomo (Post-Doctorante)
Camille Mayeur (Ingénieur d’Etude)
Elliot Mathieu (Doctorant 2017-2020)
Yoannes Seyoum (doctorant 2016-2019)