Fonctionnalité de l'Ecosystème Intestinal

Fonctionnalité de l'Ecosystème Intestinal  (FInE)   Responsable : Nicolas Lapaque

L'équipe FInE

Les membres de l'équipe et les anciens membres

THEMATIQUE

Le microbiote intestinal humain, tel que nous le connaissons aujourd’hui, apparaît d’une très grande complexité. Afin d'avancer vers une prise en compte holistique incluant sa composante non cultivable encore majoritaire à ce jour, nous avons contribué à l'élaboration d’une approche nouvelle et puissante, la métagénomique qui a permis des progrès rapides dans la caractérisation de la diversité génomique et génétique du microbiote intestinal. Ainsi, le génome microbien (microbiome) de chaque individu contient ~28 fois plus de gènes que son génome humain. Le microbiote est, d'ailleurs, considéré comme un organe de l’hôte à part entière.

L’équipe FInE a comme but d’approfondir la vision actuelle du rôle fondamental joué par le microbiote en santé humaine. Notre objectif est de mieux comprendre les mécanismes de la symbiose homme-microbes et l'influence de notre alimentation en particulier l'importance des fibres, des polyphénols, et des probiotiques afin de définir les stratégies de sa modulation.

FInE est une équipe mixte liée aux départements MICA et AlimH d'INRAE et AgroParisTech. Elle est étroitement liée à MetaGenoPolis (MGP) puisqu'elle a contribué à l'émergence de deux de ses plateformes (SAMBO et MétaFun).

Notre thématique s’articule autour de plusieurs thèmes portés par les chercheurs de l'équipe et appuyés par 4 ateliers techniques et une plateforme de fermenteurs en collaboration avec MGP

GRANDS PROJETS (en cours)   (Projet et collaborations)

ANR Gut-Alpk1 (2022-2025) : Nicolas Lapaque

ANR IMAT (2021-2024) : Coordinateur Maude LeGall (INSERM)

PLBIO-INCA (2021-2024) : Nicolas Lapaque

ERC Advanced Homo-Symbosius (2019-2023) : Joël Doré

EU FP7 Microb-Predict (2019-2026) Coordinateur : Jonel Trebicka (EF CLIF, Barcelone)

ANR LUMI (2019-2022) Coordinatrice : Sylvia Cohen-Kaminsky (INSERM)

Plusieurs projets collaboratifs avec des industriels sont également en cours en particulier avec DuPont, Sanofi et Roquette.

GRANDS PROJETS auxquels nous avons contribué :

ANR FunAMetaGen (2015-2019) Coordinateur : Laurent Chene (Entérome)

ANR PigletBiota (2014-2018) Coodinateur : J Estellé (INRA - Gabi)

ANR ProteoCardis (2016-2020) Coordinatrice : Catherine Juste 

EU FP7 MetaCardis(2012-2018) Coordinatrice : K Clément (ICAN)

EU FP7 IHMS (2011-2015) Coordinateur : SD Ehrlich (MGP)
EU FP7 METAHIT (2008-2012) Coordinateur : SD Ehrlich (MGP)
EU FP7 Cross-Talk (2008-2012) Coordinateurs : E Maguin (Ife - Micalis) & HM Blottière (FInE - Micalis)

ANR SUSFLORA (2011-2014) Coordinatrice : C Rogel-Gaillard (INRA - Gabi)
ANR Surfing (2011-2014) Coordinateurs : G Jan (STLO - INRA) & M van de Guchte (Ife - Micalis)
ANR SFBIMPRO (2010-2013) Coordinatrice : V Gaboriau-Routhiau (INSERM - Necker)

ANR EPIFLORE (2013-2016) Coordinatrice : MJ Butel (Université Paris Descartes)

ANR FunMetaGen (2012-2014) Coordinateur : HM Blottière (FInE - Micalis)
ANR MicroObes (2008-2012) Coordinateur : J Doré (FInE - Micalis)

Risk OGM CRYMUC (2012-2016) Coordinatrice : C. Nielsen-Leroux (GME - Micalis)

INRA MEM MetaScreen (2011-2013) Coordinatrice : G Veronese (LISBP – INRA
INRA MEM OBOMICS (2012-2014) Coordinatrice : C Juste (FInE - Micalis)

QUELQUES PUBLICATIONS REPRÉSENTATIVES DE NOS TRAVAUX :   

1.           Martin-Gallausiaux C, Garcia-Weber D, Lashermes A, Larraufie P, Marinelli L, Teixeira V, Rolland A, Béguet-Crespel F, Brochard V, Quatremare T, Jamet A, Doré J, Gray-Owen SD, Blottière HM, Arrieumerlou C, Lapaque N. Akkermansia muciniphila upregulates genes involved in maintaining the intestinal barrier function via ADP-heptose-dependent activation of the ALPK1/TIFA pathway. Gut Microbes 2022;14(1). doi:10.1080/19490976.2022.2110639.

2.           Mondot S, Lachkar L, Doré J, Blottière HM, Hanachi M. Roseburia, a decreased bacterial taxon in the gut microbiota of patients suffering from anorexia nervosa. Eur. J. Clin. Nutr. 2022;76(10):1486–1489. doi:10.1038/S41430-022-01116-3

3.           Di Lodovico L, Mondot S, Doré J, Mack I, Hanachi M, Gorwood P. Anorexia nervosa and gut microbiota: A systematic review and quantitative synthesis of pooled microbiological data. Prog. Neuro-Psychopharmacology Biol. Psychiatry 2021;106. doi:10.1016/j.pnpbp.2020.110114.

4.           van de Guchte M, Mondot S, Doré J. Dynamic Properties of the Intestinal Ecosystem Call for Combination Therapies, Targeting Inflammation and Microbiota, in Ulcerative Colitis. Gastroenterology 2021;161(6):1969-1981.e12. doi:10.1053/J.GASTRO.2021.08.057

5.           Martin-Gallausiaux C, Marinelli L, Blottière HM, Larraufie P, Lapaque N. SCFA: Mechanisms and functional importance in the gut. Proc. Nutr. Soc. 2020:1–13. doi:10.1017/S0029665120006916

6.           Van de Guchte M, Burz SD, Cadiou J, Wu J, Mondot S, Blottière HM, Doré J. Alternative stable states in the intestinal ecosystem: proof of concept in a rat model and a perspective of therapeutic implications. Microbiome 2020;8(1):153. doi:10.1186/S40168-020-00933-7

7.           Patrascu O, Béguet-Crespel F, Marinelli L, Le Chatelier E, Abraham AL, Leclerc M, Klopp C, Terrapon N, Henrissat B, Blottière HM, Doré J, Béra-Maillet C. A fibrolytic potential in the human ileum mucosal microbiota revealed by functional metagenomic. Sci. Reports 2017 71 2017;7(1):1–15. doi:10.1038/srep40248

Toutes nos publications sur les 5 dernières années

CONTACT

Nicolas Lapaque
Institut Micalis (UMR1319/Université Paris-Saclay - INRAE - AgroParisTech)
INRA, Domaine de Vilvert
78352 Jouy-en-Josas Cedex, France